De nya reglerna kräver information om organisationernas personal, deras aktiviteter och en tvåårig ekonomisk redovisning. Anledningen är, enligt regeringen, en ökad transparens.
Men organisationen Refugee Support Aegan, RSA, påpekar att lagförändringen även ger regeringen större makt att kunna neka organisationer registrering, trots att de uppfyller villkoren.
– Det skapar risker för en godtycklig användning i praktiken. Ministeriet har befogenhet att neka registrering av en icke-statlig organisation eller dess enskilda medlemmar efter eget tycke, säger Minos Mouzourakis, juridisk tjänsteman på RSA.
Andra organisationer menar att ökade kostnader för registrering och certifiering också kommer att tvinga bort små gräsrotsorganisationer. Över 400 hjälporganisationer tros verka i landet men bara 86 är officiellt registrerade.
Amnesty international fördömer de nya reglerna som de menar kan påverka organisationers verksamheter negativt och skriver i ett pressmeddelande att det är opassande att göra den typen av lagändringar mitt under coronakrisen.
Vill få bort organisationerna
I Grekland har motsättningar mellan lokalbefolkningen, hjälporganisationer och staten ökat på senare tid. I konfliktens kärna befinner sig 50 000 flyktingar.
I medier, bland lokalbefolkningen och från regeringen utmålas hjälporganisationerna ofta som de värsta syndabockarna. De har anklagats för att underlätta människosmuggling och kriminella nätverk och för att ta över lokalbefolkningens marknader, vilket bland annat lett till våldsamma protester på öarna och påtryckningar på regeringen att agera.
Shirin Tinnesand från organisationen Stand by me Lesvos har förståelse för regeringens behov av en högre kontroll i det här läget.
– Det som jag kan tycka är orättvist med de nya reglerna är att de bara verkar rikta in sig på flyktingorganisationer och att det kommer att bli väldigt svårt att starta nya organisationer. Men jag tror inte att redan etablerade organisationer har något att frukta. Vi måste samarbeta med regeringen och lokalbefolkningen, säger hon.
Hon menar att många av hjälporganisationerna behövs i landet, framför allt de som hanterar juridiska och medicinska ärenden, medan många andra organisationers funktioner är onödiga och att en upprensning skulle vara bra.
– Många kommer hit för att plocka skräp eller hjälpa till med disk. Även om det är med goda intentioner så är det sådant som flyktingarna eller lokalbefolkningen kan och vill göra själva. Jag kan ha fel, men förhoppningsvis kan de nya reglerna bli en språngbräda till att skapa en bättre kommunikation mellan de olika parterna, säger Shirin.