Ursula von der Leyen, som företräder samma konservativa parti som Angela Merkel, CDU, behövde 374 röster för att säkra posten som kommissionsordförande. Hon fick 383.
Hon blir därmed inte bara historisk som den första kvinnliga ordföranden - hon blir även den ordförande med lägst stöd bland parlamentsledamöterna någonsin.
– Förtroende ni har gett mig innebär också ett förtroende till Europa, sa von der Leyen direkt efter omröstningen.
I sitt inledningsanförande talade den nya ordförande även om klimathotet som ”den största utmaningen och möjligheten i vår tid”.
– Jag vill att Europa ska bli den första klimatneutrala kontinenten i världen tills 2050, sa von der Leyen och möttes av rungande applåder.
Gröna röstade nej
Den gröna gruppen, å andra sidan, var inte övertygade om von der Leyens klimatengagemang och röstade därför nej. Miljöpartiets parlamentsledamot Alice Bah Kuhnke säger till Dagens ETC att hon saknade konkreta åtgärder för vad kommissionsordföranden vill göra.
– Vi gick till val för att i praktisk handling ta oss an klimatkrisen och efter många långa samtal har von der Leyen inte alls lyckats övertyga oss om att det är den politiken hon vill driva, säger Bah Kuhnke.
Hon uttrycker även en oro för att kommissionen, genom att välja en konservativ kristdemokratisk ordförande, tar ännu ett steg åt höger:
– Von der Leyen är federalist och har inte gjort hemlighet av att hon vill ha ett gemensamt försvar och driva EU åt en mer konservativ riktning. Risken för att kommissionen tar en högersväng är överhängande, säger hon.
Stora utmaningar framför sig
När von der Leyden tillträder i november står hon minst sagt inför stora utmaningar. Vad hon ska göra åt att nationer som Polen och Ungern konsekvent sätter sig emot liberala reformer, bland annat vad gäller fördelningen av asylsökande, har hon hon inte uttalat sig om.
När det kommer till Storbritanniens utträde har hon öppnat för att separationen kan skjutas upp ännu längre ”om goda skäl finns”.
Det återstår att se om det svaga stödet i parlamentet också kommer leda till svårigheter att få igenom kommissionens förslag.