Förordningen har kritiserats för att vara ogenomtänkt. Bland annat har Stockholm Environment Institute, SEI, varnat för att den hotar småskaliga bönders inkomster och deras framtida möjligheter till överlevnad. SEI skriver i sin studie från Sydostasien att jordbruket omfattar 40 procent av den arbetande befolkningen i Sydostasien, varav cirka 100 miljoner småskaliga bönder.

Det är främst odlare av kakao, kaffe och palmolja som är småskaliga i stora delar av världen. Till skillnad mot de stora företagen har de små inte de ekonomiska muskler, kompetens eller praktiska möjligheter som krävs för att skapa den kontroll och certifiering som förordningen kräver. Oavsett om man är för eller emot förordningen så verkar alla vara överens om att det kommer att krävas en omfattande byråkrati för att kunna säkerställa i alla led att produkten inte kommer från ett nyligen avskogat område.  

I Sverige har det främst varit skogsindustrin som har stått för kritiken, som ifrågasatt hur implementeringen ska gå till, inte minst när det gäller spårbarheten. Andra frågor har inte varit lika uppmärksammade i Sverige, som att avskogningsförordningen också stod i konflikt med EU:s naturrestaureringsförordning. Att exempelvis återställa naturbetesmarker eller våtmarker innebär ofta skogen försvinner. Nyligen kom dock beskedet att naturrestaurering undantas från avskogningsförordningen. Lagen sköts också upp ett år och ska inte börja gälla förrän den 30 december 2025 för stora företag och den 30 juni 2026 för små företag.  

Den nederländska organisationen Solidaridad, som under lång tid arbetat med att skapa rättvisa varukedjor och bättre ekonomiska villkor för småbönder i stora delar av världen, anser att uppskov inte löser problemet.

 ”Ska EUDR fungera för både naturen och människor i början av leveranskedjan så är det nödvändigt med ambitiösa samarbeten med producentländerna”, skriver Steven De Winter på Solidaridad.  

Han betonar att den uppskjutna tiden bör användas av EU för att bättre förstå hur förordningen påverkar de småskaliga odlarna, hur de ska få ekonomisk support och att EU borde ”fokusera på orsakerna till avskogning".